至元代，全真北宗开始向江南传播。

南北两宗本是同宗同源，仅是炼养方法略有不同，并与因宋、金统治地域而分南北两宗。

北宗因为王重阳与丘处机等人发展，得到成吉思汗封赏，而发展较快，影响巨大。但是到了后期，因为元朝大多信藏传佛教影响，对全真教打压不断，几次佛道论战，全真教大败而式微。

而南宗“性命双修”继承中国传统隐逸仙学，大都隐居山林清修，与上层社会极少交往，得不到统治者的支持，影响有限。

但是自元代中叶开始，南宗逐渐与北宗融合。元末由陈致虚的努力，两宗统归全真道。

射雕四部曲之三，破虏英雄传三月天